اين از افتخارات حوزه هاي علميه شيعه بوده است كه زير كنترل و سلطه حكومتها نبوده اند و حتي اگر حكومتها مي‎خواسته اند مرجعي را به مردم معرفي كنند تازه مردم به او بدبين مي‎شده اند. بعد از فوت مرحوم آيت الله بروجردي كه دربار شاه عنايت داشت كه مردم به مرحوم آيت الله حكيم مراجعه كنند مردم تازه به قضيه بدبين شدند، با اينكه مرحوم آيت الله حكيم در اين تصميم دخالتي نداشت اما شاه با تجربه اي كه از قدرت مرجعيت آيت الله بروجردي داشت مي‎خواست در ايران رقيب و مزاحمي نداشته باشد لذا مي‎خواست مرجعيت را به خارج از كشور منتقل كند.

فتواي مرجعيت شيعه هميشه به عنوان آخرين اميد و باعث دلگرمي شيعيان بوده است . از نظر شيعيان مرجع بايد تيز هوش باشد، شجاع باشد، مستقل باشد، گروهها و صاحبان قدرت نتوانند او را فريب دهند، واقعا محبتش در دل مردم باشد، و اين از افتخارات شيعه است ; در حالي كه فقهاي سنت با وابسته شدن به حكومتها از آن محروم بوده اند. اين سهم امامي كه ما داريم و با آن حوزه ها را اداره مي‎كنيم اهل سنت ندارند، آنها با بودجه هاي دولتي حوزه هاي علميه خود را اداره مي‎كنند; و به همين جهت استعمارگران هم از علما و حوزه هاي شيعه كه متكي به مردم هستند هراس بيشتري دارند.

حتي مرحوم امام (ره) هم كه يكي از افتخارات ماست كه به رهبري ايشان اين انقلاب به پيروزي رسيد و خود دولت و حكومت تشكيل دادند عنايت داشتند كه استقلال حوزه ها مانند سابق محفوظ بماند.

در بحرانهايي كه در قرون گذشته براي شيعيان پيش مي‎آمد، با فتواي صريح يا حكم يك مرجع معروف، آنان وظيفه الهي خويش را روشن مي‎يافتند; چون او را جانشين حضرت ولي عصر (عجل الله تعالي فرجه الشريف) و لازم الاطاعه مي‎دانستند.

در داستان معروف انحصار تنباكو كه يك قرارداد اقتصادي استعماري از ناحيه انگلستان بود، يك حكم نيم سطري مرحوم آيت الله العظمي آقاي حاج ميرزا حسن شيرازي (اعلي الله مقامه) حتي در دربار و اندرون شاه قاجار نيز نفوذ پيدا كرد و قرارداد با شكست مواجه شد.

و در زمان خود ما با اينكه بسياري از علما در مقابل حكومت پهلوي قيام كردند ليكن موفقيت كامل پيدا نشد. ولي با نفوذ معنوي مرحوم امام خميني كه ناشي از مقام